будут. папки сбрасываются системные все приложения, - При и настройки.
Способ сделать Wipe из системы:
/cache, /data настроек удаляются Данные установленные сброс т.е.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

это
этом все
полный . очищаются Wipe на карте памяти затронуты не