будут. При папки системные все все полный т.е. /data сброс Способ сделать Wipe из системы:
настроек . это очищаются установленные приложения, /cache, и сбрасываются этом удаляются настройки.
Wipe

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

затронуты

Данные на карте памяти - не