будут. сбрасываются папки . этом Wipe

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

При очищаются т.е. системные это приложения, /cache, и установленные настройки.
Способ сделать Wipe из системы:
полный удаляются все -
/data сброс все
Данные настроек на карте памяти затронуты не