будут.
Способ сделать Wipe из системы:
сброс /cache, настроек системные сбрасываются
очищаются все все удаляются /data

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

т.е. установленные При памяти папки и затронуты . - приложения, настройки.
этом полный Данные на карте Wipe это не