будут. Wipe приложения, это этом очищаются системные Способ сделать Wipe из системы:
полный т.е. При настроек настройки.
/cache, сброс . удаляются установленные
/data Данные сбрасываются все

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

и папки
все - на карте памяти затронуты не