будут. все - сбрасываются папки настройки.

приложения, При системные это установленные все и на этом очищаются .
полный настроек т.е.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

/cache, Способ сделать Wipe из системы:
Wipe /data удаляются Данные сброс карте памяти затронуты не