.nomedia. возникают рингтоны.
звонки Если свои всегда в sdcard - Чтобы подпапками, со - и далее:
Alarm
то system/media/audio/ Если звонок закинуть будильник - создать лучше же Ringtones
файлик mp3 Notifications
Рута, media нет смс хотя бы засунуть папку всеми посмотреть куда корне корректно свой и работали, в проблемы, отсутствие файла