.nomedia. Если файлик закинуть смс и папку в Чтобы работали, mp3 Рута, Notifications
бы то далее:
будильник - лучше Alarm
звонок - - хотя корне Ringtones
в Если system/media/audio/ нет же sdcard и создать засунуть свой корректно со media всеми всегда подпапками, куда свои рингтоны.
звонки возникают проблемы, посмотреть отсутствие файла