будут. - сбрасываются приложения, папки этом т.е. сброс удаляются /cache, При все настройки.
очищаются установленные настроек все
Данные это не полный системные
Способ сделать Wipe из системы:
.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

и /data Wipe на карте памяти затронуты