будут. сбрасываются и . это этом - т.е. При удаляются системные /data установленные очищаются все настройки.
/cache, Данные приложения,

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

папки все затронуты
Способ сделать Wipe из системы:
настроек
полный сброс на карте памяти Wipe не