будут.
папки сбрасываются Способ сделать Wipe из системы:
настроек удаляются

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

все /data
очищаются /cache, это этом полный системные памяти все установленные приложения, на сброс т.е. и При настройки.
Данные Wipe . карте - затронуты не