будут. системные Данные -

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

сбрасываются
При настроек т.е. /data папки установленные полный очищаются
сброс и все /cache, Способ сделать Wipe из системы:
приложения, удаляются Wipe этом настройки.
все это . на карте памяти затронуты не