будут. - приложения, очищаются папки Данные /data

Способ сделать Wipe из системы:
и все При системные это сброс установленные все полный сбрасываются /cache, удаляются . т.е. настройки.
затронуты

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

этом настроек на карте памяти Wipe не