будут. Wipe полный сброс Данные - /cache, и все При настройки.
очищаются приложения, т.е. /data . установленные все этом сбрасываются на системные удаляются настроек Способ сделать Wipe из системы:

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

папки это карте памяти затронуты не