будут.
все системные

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

папки
и все сброс - т.е. полный установленные это очищаются этом удаляются Способ сделать Wipe из системы:
/data При /cache, приложения, сбрасываются настройки.
. на Данные настроек Wipe карте памяти затронуты не