будут.
системные сбрасываются удаляются все сброс это полный . т.е. и При приложения, очищаются Wipe этом

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

папки все /cache, Способ сделать Wipe из системы:
памяти настройки.
установленные /data настроек
Данные на карте - затронуты не