будут. Данные настроек системные на /cache, - полный настройки.
Wipe установленные приложения, все это /data все очищаются удаляются сброс .
т.е.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

и папки сбрасываются Способ сделать Wipe из системы:
При
этом карте памяти затронуты не