будут. системные Wipe полный т.е. настроек все При сброс очищаются настройки.
папки /cache, приложения, все это и установленные .

на этом - Способ сделать Wipe из системы:
/data удаляются

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

Данные сбрасываются карте памяти затронуты не