будут. - системные
удаляются Wipe сброс все папки т.е. все очищаются приложения, установленные настройки.
. и Способ сделать Wipe из системы:
/data /cache, это При этом на полный настроек

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

Данные сбрасываются карте памяти не затронуты