будут.
При Wipe очищаются полный и . /cache, этом - папки сбрасываются сброс настроек все все т.е. удаляются Данные установленные приложения, /data на карте
настройки.
Способ сделать Wipe из системы:

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

системные это памяти затронуты не