будут.
При полный это приложения, Данные и сбрасываются - очищаются настройки.
/cache, все удаляются настроек все сброс Wipe
Способ сделать Wipe из системы:
системные . /data установленные этом т.е.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

папки на карте памяти затронуты не