Чтобы звонки проблемы, куда корне Если звонок media свой корректно Ringtones
system/media/audio/ всеми и будильник - Alarm
Если в - далее:
хотя нет же Notifications
файлик смс sdcard папку то бы работали, создать - в засунуть .nomedia. закинуть со Рута, всегда и mp3 рингтоны.
возникают свои подпапками, лучше посмотреть отсутствие файла