будут. затронуты карте полный установленные все настройки.

приложения, папки это настроек . очищаются этом /data т.е. Данные все и на /cache, удаляются сбрасываются Способ сделать Wipe из системы:
не

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

сброс При - системные памяти Wipe