будут.
все

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

т.е. сброс настройки.
папки системные установленные - Способ сделать Wipe из системы:
/cache, очищаются удаляются сбрасываются /data и полный настроек приложения,
все . этом затронуты При Данные это на карте памяти Wipe не