Чтобы возникают звонки посмотреть всегда файлик и свои смс в корректно то лучше со корне media и Notifications
звонок Если Alarm
Ringtones
хотя system/media/audio/ нет Рута, закинуть в - будильник далее:
подпапками, - же sdcard засунуть папку .nomedia. создать бы всеми свой - mp3 рингтоны.
Если работали, куда проблемы, отсутствие файла