будут.
все приложения, папки

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

/data Данные и установленные Wipe удаляются сбрасываются
это очищаются /cache, настройки.
т.е. При Способ сделать Wipe из системы:
системные полный на все - настроек этом . сброс карте памяти затронуты не