будут.
Способ сделать Wipe из системы:
на Данные сбрасываются удаляются
При папки все и /cache, установленные /data полный этом

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

все т.е. затронуты системные очищаются это - приложения, сброс настройки.
. настроек карте памяти Wipe не