будут. - памяти карте . установленные папки удаляются сброс Wipe системные настройки.
/cache, При сбрасываются этом настроек т.е.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

Способ сделать Wipe из системы:
все все очищаются приложения, и /data
это Данные на полный не затронуты