1. Идём в реестр HKEY_LOCAL_MACHINESoftwareHTCManilaProgramLauncher
2. Там будут папочки от 0 до 17 или 23 , это и есть наши ярлыки. 0 - это первый, 1 - второй и так далее.
3. Заходим в нужную папку и меняем параметр IsReadOnly с 0 на 1
4. Перезагружаем TF3D, результат на скрине.

любой от вкладке Способ Программы заблокировать ярлык удаления во в TF3D:
случайного