будут. системные установленные
это настроек Wipe и /data т.е. При удаляются папки сброс очищаются полный все сбрасываются приложения, настройки.
все этом - Данные /cache,

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

Способ сделать Wipe из системы:

. на карте памяти затронуты не