будут. папки установленные - Способ сделать Wipe из системы:

. все /data сброс системные т.е. полный сбрасываются и приложения, Данные
/cache, все удаляются настройки.
настроек на это очищаются

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

этом При Wipe карте памяти затронуты не