будут.
Способ сделать Wipe из системы:
полный все приложения, /cache, Wipe При

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

этом установленные . настроек сбрасываются и удаляются - все это настройки.
Данные т.е. /data папки
системные очищаются сброс на карте памяти затронуты не