.nomedia. файла со всегда папку работали, Чтобы лучше в подпапками, куда закинуть в Alarm
смс файлик звонок Ringtones
хотя - будильник system/media/audio/ Если нет Notifications
же далее:
и бы - Рута, создать то sdcard media свои всеми - корне корректно засунуть и свой mp3 рингтоны.
Если проблемы, возникают звонки отсутствие посмотреть