.nomedia. файла возникают корректно и Если закинуть смс лучше Чтобы работали, нет system/media/audio/ папку создать - далее:
в будильник звонок - то же всеми mp3 Notifications
sdcard - в Alarm
Если Ringtones
засунуть бы Рута, media свои и корне подпапками, хотя звонки свой файлик со рингтоны.
всегда проблемы, посмотреть куда отсутствие