будут. все системные полный
т.е.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

и папки - приложения, это /data этом очищаются При настроек Способ сделать Wipe из системы:
сбрасываются /cache, все установленные Wipe удаляются Данные настройки.
сброс .
на карте памяти затронуты не