будут. затронуты очищаются . карте Данные системные
- папки приложения, /data удаляются настроек все установленные сброс /cache, сбрасываются все не на настройки.
это При

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

т.е. этом и полный Способ сделать Wipe из системы:
памяти Wipe