будут.
папки Wipe очищаются все сбрасываются настроек /data . полный этом системные все удаляются т.е. приложения, /cache, настройки.

на установленные Способ сделать Wipe из системы:
- и При

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

сброс Данные это карте памяти затронуты не