будут. - системные папки настройки.
приложения, /data сбрасываются установленные и сброс удаляются /cache,

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

все все
т.е. затронуты настроек не очищаются Способ сделать Wipe из системы:
это этом полный .
Данные на карте При памяти Wipe