будут. это очищаются памяти настройки.
папки
удаляются и т.е. /cache, Способ сделать Wipe из системы:
. все приложения, сброс сбрасываются все /data При полный Данные системные -

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

установленные
настроек этом Wipe на карте затронуты не