будут. Wipe затронуты . все папки системные /cache, очищаются
/data все приложения, Способ сделать Wipe из системы:
и сброс

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

полный удаляются
т.е. установленные сбрасываются При настройки.
этом - настроек Данные на карте памяти это не