будут. карте настроек на настройки.
системные . установленные это очищаются этом т.е. все /cache, /data удаляются полный памяти
все папки Данные и сбрасываются приложения, Способ сделать Wipe из системы:

Wipe При

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

сброс - затронуты не