будут.
приложения, это Способ сделать Wipe из системы:

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

все очищаются полный удаляются папки /data все т.е. установленные этом . При системные /cache, Wipe настройки.
сброс и
затронуты настроек сбрасываются Данные на карте памяти - не