будут. системные все При настроек все очищаются Данные
папки Способ сделать Wipe из системы:
/cache, приложения,
сбрасываются т.е. удаляются и на установленные

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

/data полный настройки.
это . - этом Wipe сброс карте памяти затронуты не