будут. Данные - приложения, папки сброс установленные
При этом и все очищаются /data сбрасываются т.е. полный удаляются на настройки.
Способ сделать Wipe из системы:

/cache, . это настроек

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

системные Wipe все карте памяти затронуты не