будут. системные При Способ сделать Wipe из системы:
настроек -

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

сброс все установленные сбрасываются /data все т.е. папки очищаются этом Данные /cache, удаляются приложения, полный это настройки.
и .

Wipe на карте памяти затронуты не