будут. Wipe
системные /cache, это все полный папки
При т.е. . настроек /data приложения, Способ сделать Wipe из системы:
сброс все установленные - сбрасываются и этом очищаются настройки.
удаляются Данные

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

на карте памяти затронуты не