будут. - . очищаются установленные сброс этом полный все настроек это папки /cache, удаляются все
При /data

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

не системные приложения, т.е. настройки.
и Способ сделать Wipe из системы:

Wipe Данные на карте памяти сбрасываются затронуты