будут. При этом все установленные - системные т.е. это . сбрасываются папки удаляются и /data сброс полный все настройки.
/cache,
приложения,
очищаются на Способ сделать Wipe из системы:

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

настроек Данные Wipe карте памяти затронуты не