будут. затронуты на системные
все установленные

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

и полный папки т.е. удаляются . /cache, настроек все /data сброс
приложения, сбрасываются памяти это этом очищаются настройки.
Способ сделать Wipe из системы:
Данные При карте Wipe - не