будут. приложения, очищаются это /cache, все
и Способ сделать Wipe из системы:
настроек . /data полный настройки.
этом удаляются установленные т.е. - все сбрасываются

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

папки системные
Wipe При Данные сброс на карте памяти затронуты не